行政、管理、后勤科室：
办公室、党办、人事科、团总支、工会、医务科 、护理部、科教科、质管科、院感科、预防保健科、信息科、医保及新农合办公室、财务科、审计科、总务科、设备科、保卫科。


临床科室：
外一科、外二科、外三科、外四科、外五科、外六科、重症医学科（ICU）、CCU、内一科、内二科、内三科（含中医科）、传染科、内五科、内六科、儿科、眼、耳鼻咽喉科、妇产科、麻醉科及手术室、口腔科、血透室、急诊科、门诊（各科门诊诊室及心电图、胃镜室、肠镜室、支气管镜室等）、体检科、芝山社区卫生服务中心、市120急救中心。


医技科室：
放射影像科、超声影像科、检验科、输血科、病理科、药剂科、消毒供应室。